Glicoproteína sérica de 105 kDa com significante homologia com os outros componentes tardios do complemento (C7-C9). É uma cadeia polipeptídica com ligações cruzadas por 32 pontes de dissulfeto. O C6 é o próximo componente do complemento a se lunir no COMPLEMENTO C5B ligado à membrana no agrupamento do complexo de ataque à membrana. É codificado pelo gene C6.